Stockholms Stadsmission leder sitt ursprung till mitten av 1800-talet och den evangeliska alliansens svenska avdelning, som i sin tur var en gren av den internationella evangeliska alliansen grundad i London 1846.
I Sverige verkade alliansen för att "väcka religiöst likgiltiga" och för religionsfrihet. Den svenska avdelningen bestod huvudsakligen av två grupper, lågkyrkliga lutheraner och oorganiserade baptister. Lutheranerna bildade den 9 december 1853 en särskild fraktion kallad "den inre missionen". Den inre missionen hade ingen styrelse eller organiserad verksamhetsform. Den 21 januari 1856 antogs namnet Stockholms Stadsmission och en styrelse valdes.
Den 7 maj 1856 upphörde samarbetet mellan lutheranerna och baptisterna genom att lutheranerna bildade en ny inomkyrklig organisation, Evangeliska Fosterlandsstiftelsen. Samma år upplöstes den svenska avdelningen av den evangeliska alliansen.
Den inre missionen hade alltså misslyckats men ändå haft stor beydelse genom att ge upphov till två betydelsefulla organisationer som hade ett gott samarbete och delvis bestod av samma personkrets men med olika syften. Evangeliska Fosterlandsstiftelsen var ett trossamfund medan Stockholms Stadsmission var en verksamhet för inre mission och diakoni.
Den ideologiska portalfiguren i båda var Carl-Olof Rosenius (1816–1868), ideolog, själavårdare och förkunnare med svenska kyrkans lära som grund.
Den förste ordföranden i Stockholms Stadsmission var läkaren A F Melander. Under hans sista år som ordförande 1864 tillkom de första stadgarna: "Stadsmissionens syftemål är att på den evangeliskt-lutherska bekännelsens grund och i överensstämmelse med förhandenvarande kyrkliga inrättningar verka för Guds rikes tillväxt inom huvudstaden genom spridning av Guds ord, vardagsskolor för fattiga barn, söndagsskolor och barnhem samt andra medel, som den kristliga kärleken ger vid handen."
1865 fick Stockholms Stadsmission sin förste föreståndare, prästen Gustaf Emanuel Beskow.
Stockholm Stadsmissions första lokaler var i Betlehemskyrkan, som Evangeliska Fosterlandsstiftelsen grundat på 1850-talet i tidigar engelska kyrkan på Sergelgatan 6.
Stadsmissionens verksamhet fanns kvar i Betlehemskyrkan till 1912, då den mångåriga förbindelsen med Evangeliska Fosterlandsstiftelsen avslutades. Stadsmissionen ordnade då predikoverksamhet på tre ställen - Gamla stan, Kungsholmen och Östermalm.
Den 1 juli 1912 föreslogs styrelsen att köpa husen vid Stortorget 3 och 5 i Gamla stan. Efter en frenetisk insamlingsverksamhet beslutade styrelsen den 12 december 1912 att godkänna köpeavtalen med en köpesumma på totalt 300 000 kronor. Efter vissa ombyggnadsarbeten invigdes Stadsmissionens hus på annandag påsk 1915. Till de nya husen överfördes en stor del av verksamheten som förut varit spridda på skilda håll. 1938 förvärvades den intilliggande fastigheten Köpmangatan 15 i Gamla Stan.
Husen vid Stortorget är fortfarande Stadsmissionens och inrymmer bland annat lokaler för Bullkyrkan och Stadsmissionens huvudkontor.
Att läsa om Stockholms Stadsmissions historia
Tro och Gärning, minnesskrift vid Stockholms Stadsmissions sjuttiofemårsjubileum 1853–1928, Stockholms Stadsmissions förlag 1928.
I heligt uppdrag, minnesskrift vid Stockholms Stadsmissions hundraårsjubileum 1953, Stadsmissionens förlag 1953. Båda böckerna är utgångna men bör finnas på Kungliga biblioteket.
Vi ger inte upp, en bok om Stockholms Stadsmission från 1853 och framåt, Stockholms Stadsmissions förlag (ISBN 91-974619-0-3) utgiven i samband med etthundrafemtioårjubiléet hösten 2003.
Trasskolan år 1908